Desde la perspectiva de los recursos hídricos, el estudio analiza la tasa de recogida de aguas residuales y el porcentaje de eliminación de carga orgánica en cada uno de los 5.570 municipios y los clasifica en categorías según la capacidad de diluir la carga recibida por los respectivos cuerpos receptores (ilimitada, excelente o buena, regular, mala y pésima y nula). Además, el Atlas ofrece soluciones para mejorar la eficiencia de las infraestructuras instaladas y avanzar en la estructuración institucional de los prestadores de servicios de recolección y tratamiento de aguas residuales en todo el país, para que las inversiones indicadas sean efectivas.